跨境电商财税合规的痛点：
1、 两套账：内账账务混乱导致考核难，外账偷税漏税导致报税难；
2、 外账收入少、融资难、投资并购和IPO难；
3、 无票采购、个人账户进出大额资金，涉嫌偷税等，老板寝食难安.
不同阶段的跨境电商企业，需要做的财税合规工作有所区别：
1、刚起步的中小型卖家：各公司发展前期，千万别零申报，多少要报些税，把社保分到对应公司，以保证国内的正常运转。同时，申请香港离岸公司，以及离岸账户。确保外汇资金收付问题。
2、已经初具规模，想融资贷款的中大型卖家：重点在于做好财务方面的报表，完善统计，采购、发票采购、出口退税、清晰订单流、回款到对公账号，四流合一问题。
3、准备上市的超级卖家：做资产清点，调整负债结构和股权架构、做好业务所在国的VAT申报。
跨境公司财税合规应该怎么做？
第一、资金流合规
1、公司账户收款：小微企业，月15万免税额度所得税5个点。通过香港离岸账户收款，做境外投资备案，享受香港免税政策。
2、公司账户付款：通过第三方支付机构付给供应商货款。通过香港离岸账户付款给供应商的离岸账号。
3、境外资金回流方式：注册中国香港公司，用中国公司控制离岸公司。
第二、物流合规
据《关于跨境电子商务综合试验区零售出口货物税收政策的通知》显示，对综试区电子商务出口企业出口未取得有效进货凭证的货物，同时符合下列条件的，试行增值税、消费税免税政策：
1、电子商务出口企业在综试区注册，并在注册地跨境电子商务线上综合服务平台登记出口日期、货物名称、计量单位、数量、单价、金额。
2、出口货物通过综试区所在地海关办理电子商务出口申报手续。
3、出口货物不属于财政部和税务总局根据国务院决定明确取消出口退(免)税的货物。
第三、税务合规
1、境内公司的税务，无票采购，以及有票采购合规处理
2、香港税务，每年的审计以及境外投资备案
3、海外税务，VAT以及境外投资备案
第四、账务合规
1、境内账务，有票采购，以及无票采购，出口退税，第三方支付工具；
2、香港账务，第三方支付工具，以及付汇到供应商，以及国内退税公司；
3、海外账务，VAT申报，以及境外投资备案，税收洼地，各国纳税申报.